Le département des campagnes est responsable de la planification, la coordination et du développement du travail de campagne mené par les membres, les groupes locaux, et des commissions qui s’intéressent à des publics spécialisés (juristes, femmes, syndicats, écoles). Il est aussi responsable des relations avec le monde politique, l’éducation aux droits humains, et le réseau des Actions Urgentes. C’est également ce département qui est à la base des campagnes de publicité et des manifestations publiques.
Le département de la collecte de fonds récolte de l’argent de différentes manières, y compris en lançant des appels auprès des membres et des donateurs, par la vente de produits Amnesty. Il prend également en charge l’organisation de la campagne « bougies » de fin d’année.
Le département communication est principalement responsable de la communication vers le grand public via les médias. Il fait connaître les publications, préoccupations et communiqués de presse d’Amnesty, les distribue, et réalise tous les deux mois « Le Fil », le magazine de la section belge francophone.
Le département finances et administration est en charge du fonctionnement logistique du secrétariat et de la section. Il assume aussi la responsabilité de la gestion journalière, de la réception, du budget, de l’informatique et de l’administration relative aux membres et donateurs.
La direction est responsable de la gestion dans son ensemble, de la planification, de la gestion du personnel, de l’organisation de l’Assemblée générale annuelle et des autres réunions rassemblant les groupes.
La section dans son ensemble est dirigée par un Conseil d’administration composé de bénévoles, élus chaque année par l’assemblée générale, à laquelle tout membre peut participer et voter.